La plus ancienne église de Thonon ( XIIe siècle), dont il ne reste d'origine que la Crypte, fut transformée et restaurée à plusieurs reprises : elle est aujourd'hui l'une des plus fières représentantes du style baroque en Haute-Savoie !
Dédiée à Saint-Hippolyte, officier romain martyrisé en 258, l'Eglise actuelle a été construite au XIVe siècle à l'emplacement de l'Eglise primitive d'époque romane.
En 1439, sous le règne d'Amédée VIII, premier duc de Savoie, l'église paroissiale devient chapelle papale, lorsque celui-ci est désigné Pape par le concile de Bâle.
Durant l'invasion bernoise en 1536, les protestants l'utiliseront comme temple.
En 1594, François de Sales ramène le Chablais à la foi catholique, et il y célèbre la messe de Noël en 1598.
Entièrement remaniée à la fin du XVIIe siècle, l'église est pourvue d'un remarquable décor baroque : cette ornementation fut entreprise par le Révérend Louis Gillette, Préfet de la Sainte Maison, et terminée par son successeur, le Révérend Joseph-Marie de Rossillon de Bernex.
Devenue "Temple de la Raison" durant la Révolution, Saint-Hippolyte retournera au culte catholique au début du XIXe siècle, et sera classée monument historique cent ans plus tard, en 1909.
La voûte, abondamment stuquée dans le style italien, est l'œuvre des stucateurs tessinois B. Pandolph et J.F. Silva.
Les deux fresques de la façade extérieure représentent St Philippe Neri, à gauche et St Maurice d'Agaune, à droite...