L'environnement naturel de l'île Saint-Joseph fait oublier aujourd'hui le passé industriel de ce lieu. A côté de la manufacture de coton, un ensemble d'ateliers industriels et textiles participait ici à l'essor économique d'Annecy.
Jusqu’au début du 19e siècle, aux abords de l’île Saint-Joseph, les berges du Thiou accueillent des moulins, battoirs et foulons, peu à peu annexés par une manufacture de coton située à proximité. La rivière du Thiou traverse la vieille ville d’Annecy. C’est le déversoir naturel du lac. Depuis toujours, son débit varie en fonction du niveau du lac. Les débordements et inondations dans la ville sont récurrents.
Le pont métallique qui franchit en diagonale le Thiou permet aux trains de quitter la rive gauche pour joindre la gare d’Annecy. À partir de 1866, les trains transportent des milliers de tonnes de marchandises provenant des usines de Cran et d’Annecy.
En 1893 le conseil municipal d’Annecy décide d’implanter un nouvel abattoir dans le quartier actuel de la Mandallaz. Le terrain est situé légèrement en retrait de la rive droite du Thiou, sur l’actuelle place de la Mandallaz.
Au début du 19e siècle, les boucheries du pont de l’Évêché se trouvent en mauvais état. En 1824, la Ville décide de construire des nouveaux abattoirs-boucheries à proximité, à la confluence du Thiou et du Vassé.
En 1919, Fernand Reignier installe son entreprise fromagère sur la rive gauche du Thiou, en contrebas après le Pont-Neuf. Le petit lait est ainsi déversé directement dans la rivière.
Au cœur du Vieil Annecy, le quartier de la manufacture rappelle l'existence d'une importante manufacture de coton qui était le centre d'un important ensemble textile fondé au début du 19e siècle par un industriel savoyard, Jean-Pierre Duport.
Dans l'histoire industrielle de l'agglomération d'Annecy, la papeterie Aussedat de Cran-Gevrier occupe une place centrale. Fondée au début du 19e siècle, le rôle qu'elle a joué dans le développement économique du territoire a été central.
Des abattoirs et des boucheries sont installés sur le Thiou depuis au moins le 14e siècle. Jusqu’à la fin du 19e siècle, les activités d’abattage et de vente de viande se pratiquent dans ce seul et même lieu.
Cette île au milieu du Thiou après le pont Saint-Joseph abrite des infrastructures hydrauliques au fil des ans. Au Moyen Âge, c’est un lieu d’activité artisanale avec moulins et battoirs. A partir du 19e siècle, l’île est dédiée à l’industrie du textile.
Les immeubles colorés sur la rive gauche du Thiou dans les années 1970 marque l’emplacement d’une ancienne filature de coton. Aujourd’hui les bâtiments de la Manufacture ont disparu, mais le Thiou garde des traces de cette installation majeure.
